jeudi 19 juillet 2007

Recherche contre le cancer

Hier soir la TSR a diffusé un reportage très intéressant dans son téléjournal de 19h30. Le grand public pourrait participer à la recherche contre le cancer en mettant à disposition le potentiel de calculation des PC. Il s'agit d'informatique distribuée. Lorsque votre machine est enclenchée vous n'utilisez qu'une partie des ressources du processeur. La modélisation informatique de solutions thérapeutiques nécessite de grande capacité de calculation et est fort coûteuse. En associant les privés, le but peut être atteint plus efficacement. Le reportage bien qu'instructif n'abordait pas la manière pratique de participer au projet de la fondation clusterVScancer née à l'Université de Lausanne.

Je suis moi-même un inconditionnel du projet SETI@home dans le cadre de la plate-forme BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing). Celui-ci procède de la même manière mais dans le cadre de la recherche d'une intelligence extraterrestre.

1 commentaire:

  1. Avide d'en savoir plus, j'ai contacté la fondation clusterVScancer. Quelques extraits de leur réponse :

    La technologie de BOINC n'est pas celle que nous avons retenue car trop restrictive pour nos besoins, au sens qu'elle impose un choix préalable des applications spécifiques à chaque projet de recherche scientifique que la Fondation clusterVScancer désirerait supporter. Notre choix s'est donc porté vers d'autres technologies open source comme celles développée dans le cadre des projets Condor et Globus Toolkit. Elles offrent beaucoup plus de possibilités et sont à même de distribuer plusieurs types de problèmes différents simultanément sur une même grille de calcul sans prévoir à l'avance quel type de calcul sera effectué. En outre, autre avantage non négligeable, ces technologies semblent s'imposer comme le standard de l'informatique distribuée déjà retenu par des grands Grid généralistes internationaux comme le LCG du CERN ou l'EGEE de la communauté européenne.

    Toutefois, je me permets d'inclure ces informations extraites de la page http://bulletin.cern.ch/fre/articles.php?bullno=34/2005&base=art :

    Cet été, le CERN a accueilli le premier atelier « pangalactic workshop » sur BOINC (Berkeley Open Interface for Network Computing). BOINC a été conçu sur la base du programme SETI@home, que des millions de personnes ont téléchargé pour contribuer à la détection d'éventuels signes d'intelligence extraterrestre dans des données radioastronomiques. BOINC offre un cadre polyvalent auquel les scientifiques adaptent leurs logiciels pour que les utilisateurs puissent les installer et les faire fonctionner. Une fonction importante de BOINC, et élément clé de sa cote de popularité, est de comptabiliser les crédits accumulés par les participants pour encourager la concurrence qu'ils se livrent, individuellement ou par équipes.

    Divers projets BOINC, comme SETI@home, ClimatePrediction.Net et Einstein@home, ainsi que de nouveaux projets en cours de planification - notamment un projet de chromodynamique quantique de l'Université de Saragosse et un projet de l'Institut Tropical Suisse visant à modéliser différentes stratégies pour juguler le paludisme en Afrique - étaient représentés à l'atelier. Après un examen des questions techniques d'intérêt commun, la discussion s'est portée sur la R&D autour de BOINC et sur de nouvelles idées, telles que l'utilisation de la plateforme pour le stockage distribué ou les moyens de l'intégrer aux technologies de grille.

    BOINC est utilisé dans le cadre du projet LHC@home, dirigé par le CERN, qui permet à 5000 utilisateurs de faire tourner le programme Sixtrack pour étudier la stabilité du faisceau dans le LHC. LHC@home a récemment atteint les deux téraflops, la puissance de calcul de plus de mille PC. Mais ce n'est là que la partie visible de l'iceberg, comme ont pu le montrer certains participants : ClimatePrediction.Net a récemment publié une étude des modèles climatiques ayant sollicité plus de 90 000 PC du public, et Einstein@home compte plus de 50 000 utilisateurs actifs pour analyser les données du détecteur d'ondes gravitationnelles LIGO.

    Selon les participants, le calcul distribué permet non seulement d'exploiter des ressources inutilisées, mais aussi de sensibiliser le public pour qu'il participe à la recherche de pointe. Les donateurs manifestent un grand intérêt pour ces projets ; certains leur apportent même un appui technique par des mises au point et en suggérant ou développant de nouvelles fonctionnalités. Quelques-unes des conclusions de l'atelier : il faut faciliter le déploiement de BOINC pour les autres scientifiques et son installation pour le public. Il a également été convenu de définir des lignes directrices pour les projets utilisant BOINC, notamment pour encourager la publication de leurs résultats scientifiques afin de s'assurer le soutien permanent du public
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